Vaincu à Pharsale, Pompée cherche refuge auprès du roi d'Égypte Ptolomée. Ce dernier, influencé par ses conseillers Photin, Achillas et le tribun romain Septime, fait assassiner le héros pour gagner les faveurs de son vainqueur, César. Arrivé à Alexandrie, César, loin d'être reconnaissant, est horrifié par ce crime et entre en conflit avec la cour égyptienne. Il est épris de Cléopâtre, la sœur de Ptolémée, qui voit en lui le moyen de récupérer son trône. Cornélie, la veuve de Pompée, captive, voue une haine farouche à César tout en reconnaissant sa grandeur d'âme. Le refus de César de cautionner le meurtre provoque une rébellion menée par Ptolémée et ses ministres, qui aboutit à la mort du roi et à l'avènement de Cléopâtre.
Ptolémée, roi d'Égypte, apprend la défaite de Pompée à Pharsale et son arrivée imminente sur ses côtes. Réuni avec ses conseillers Photin, Achillas et Septime, il délibère sur l'attitude à adopter. Photin et Septime prônent le meurtre de Pompée pour s'assurer les bonnes grâces de César. Achillas, plus mesuré, conseille la neutralité. Ptolémée, cédant à la raison d'État et à la peur, ordonne l'assassinat. Survient Cléopâtre, qui, outrée par cette trahison envers l'homme qui a rétabli leur père sur le trône, défend Pompée. Elle révèle à Ptolémée que c'est l'amour et l'argent de César, bien plus que les discours de Pompée, qui ont sauvé leur famille, et que César vient en Égypte. Elle promet de reconquérir son trône grâce à lui.
"La justice n'est pas une vertu d'état. Le droit des rois consiste à ne rien épargner : La timide équité détruit l'art de régner."
"César en fut épris, et du moins j'eus la gloire De le voir hautement donner lieu de le croire."
Cléopâtre confie à sa dame d'honneur, Charmion, son amour pour César, un amour né à Rome et nourri par ses victoires et ses lettres. Elle aspire à régner, mais sa vertu l'oblige à défendre Pompée. Achorée, son écuyer, arrive et lui fait le récit détaillé et pathétique de l'assassinat de Pompée sur le rivage par Septime et Achillas, sous les yeux de Cornélie qui a pu s'enfuir. À l'annonce de l'arrivée de César, Cléopâtre exulte et prédit la vengeance. Ptolémée tente de se réconcilier, mais Cléopâtre reste fière et distante. Resté seul avec Photin, Ptolémée, craignant que Cléopâtre ne devienne reine grâce à César, veut la faire tuer. Photin le dissuade, conseillant la prudence et la flatterie envers César pour mieux le tromper et reprendre le pouvoir plus tard.
"Je l'aime ; mais l'éclat d'une si belle flamme, Quelque brillant qu'il soit, n'éblouit point mon âme."
"Sa vertu toute entière à la mort le conduit."
Achorée rapporte à Charmion l'accueil fait par César à la tête de Pompée. César, après un moment de trouble où se mêlent joie secrète et horreur, condamne fermement le crime et ordonne que des honneurs soient rendus au défunt. Ptolémée, venu se justifier, est vertement tancé par César qui le tient pour responsable, par faiblesse, de l'acte de ses conseillers. Resté seul avec Antoine, César s'enquiert de Cléopâtre. Antoine la décrit comme incomparable. L'arrivée de Cornélie, prisonnière, interrompt leur entretien. Septime, qui l'a capturée, est chassé ignominieusement par César. Cornélie, pleine de dignité et de haine, se présente comme sa prisonnière mais non son esclave. César, admiratif, lui témoigne respect et clémence, promettant de venger Pompée.
"César ne peut souffrir la présence d'un traître, D'un Romain lâche assez pour servir sous un roi, Après avoir servi sous Pompée et sous moi."
"Je te l'ai déjà dit, César, je suis romaine ; Et quoique ta captive, un coeur comme le mien, De peur de s'oublier, ne te demande rien."
Ptolémée, poussé par Achillas et Photin, réalise l'échec de sa politique. Comprenant que César ne le récompensera pas, il décide de le faire assassiner pour libérer l'Égypte. Achillas expose un plan pour introduire des troupes dans le palais via un souterrain. Cléopâtre intercède auprès de son frère, qui feint la soumission et lui demande de plaider pour ses ministres. Quand César vient voir Cléopâtre, il lui déclare son amour et ses projets. Cléopâtre, tout en l'aimant, lui demande grâce pour les conseillers de son frère, ce que César refuse. Cornélie survient alors pour avertir César du complot, dévoilé par ses esclaves. Elle le fait par devoir et pour préserver l'honneur de Rome, non par affection pour lui, et réaffirme sa hine inébranlable. César, touché par tant de grandeur d'âme, part affronter la rébellion.
"Montrons que sa fortune est l'oeuvre de nos mains ; Deux fois en même jour disposons des Romains."
"Si je veux ton trépas, c'est en juste ennemie."
Cornélie, tenant l'urne contenant les cendres de Pompée, jure de le venger, et refuse d'entrer à Rome avant que le roi et ses ministres ne soient punis. Philippe, son affranchi, lui raconte comment il a récupéré le corps et érigé un bûcher, aidé par Cordus, puis comment César a respectueusement reçu les cendres. Cléopâtre vient partager la douleur de Cornélie et annonce la punition de Photin. Cornélie exige celle de Ptolomée. Achorée arrive et annonce la mort du roi : Ptolomée, refusant de se rendre, s'est jeté dans la mêlée avec Achillas et a péri noyé. César paraît. Cornélie exige de pouvoir partir. César propose de rendre les honneurs suprêmes à Pompée avant son départ. Cornélie accepte d'assister à la cérémonie mais jure de poursuivre sa vengeance. Elle s'en va en Afrique, où l'attendent les derniers républicains. Resté seul avec Cléopâtre, César la console et la prépare à régner sur l'Égypte.
"La perte que j'ai faite est trop irréparable ; La source de ma haine est trop inépuisable."
"Prenez-vous-en au ciel, dont les ordres sublimes Malgré tous nos efforts savent punir les crimes."
Général romain victorieux à Pharsale. Ambitieux, clément, amoureux de Cléopâtre, il est horrifié par le meurtre de Pompée et entend venger sa mémoire, tout en poursuivant ses propres desseins politiques et amoureux.
PrincipalFemme de Pompée. Figure de la vertu romaine et du devoir. Après le meurtre de son époux, elle voue une haine éternelle à César, mais cette haine est tempérée par la justice et l'estime qu'elle lui porte. Sa dignité dans le malheur est exemplaire.
PrincipalSœur de Ptolomée, reine d'Égypte. Ambitieuse et fière, elle aime César et voit en lui le moyen de retrouver son trône. Elle est déchirée entre son amour et le souvenir des bienfaits de Pompée.
PrincipalRoi d'Égypte, frère de Cléopâtre. Jeune, faible et influençable, il se laisse guider par ses conseillers. Il ordonne le meurtre de Pompée, mais son crime ne lui apporte rien et cause sa perte.
PrincipalChef du conseil d'Égypte. Personnage machiavélique, il incarne la raison d'État la plus cynique et pousse Ptolémée au crime pour conserver le pouvoir.
MinorLieutenant général des armées du roi d'Égypte. Exécutant du meurtre de Pompée, il est d'abord plus modéré que Photin, mais finit par le suivre dans la rébellion contre César.
MinorTribun romain à la solde du roi d'Égypte. Traître à sa patrie, il est l'un des assassins de Pompée. Son geste lui vaut le mépris et le châtiment de César.
MinorGénéral romain, fidèle lieutenant de César.
MinorDame d'honneur de Cléopâtre. Confidente de la reine.
MinorÉcuyer de Cléopâtre. Il est son messager et son informateur, témoin oculaire des événements tragiques.
MinorAffranchi de Pompée. Dévoué à son maître jusqu'à la mort, il recueille son corps et lui rend les honneurs funèbres.
MinorGénéral romain.
Minor